А не из командной строки его можно запускать?

Поковырявшись немножко с udev, можно его заставить исполнять нужную команду при каждом подключении фотоаппарата. Подробностей, правда, не помню, надо manual читать.

при попытке просмотра file explorer'ом директория показалась пустой, файлы появились только через ls

Странно.. нет, не должно такого быть. А refresh пробовал делать в explorer'е?