Здесь вопрос не веры, а знания. Не надо переносить свой опыт с Windows на принципиально другую систему. Система управления пакетами действительно отслеживает зависимости лучше, чем пользователь. То, что в Windows это не так, это вовсе не значит, что то же самое в других системах.

Если интересуют подробности, могу рассказать.