В целом же система permissions в Юниксе намного менее гибкая, чем в NTFS, то бишь в Виндах.

В 90-х годах действительно была намного менее гибкая. В начале 2000-х был разработан posix стандарт на ACL, а вскоре после этого и первые реализации. В линуксе поддержка ACL появилась лет 5-6 назад, он в этом смысле сейчас ничем не хуже виндоуса.