Vladimir

Почему я не могу создать свои директории/файлы, как минимум? Бог с ними, системными - я свое хочу:)

Конечно же, можешь. Для этого есть домашний каталог.

Проблема в том, что я хочу точно знать, какой пакет был установлен ради какого,

Это система установки пакетов должна показывать. Но не позволять это менять.

и какая версия была в наличии у разработчика.

Посмотри URL в описании пакета и зайди туда. Только зачем?

Ну хотя бы для того, чтобы знать конфликты/несовместимости, которые могут возникнуть.

Это знает система управления пакетами. Она гарантирует, что не будет конфликтов и несовместимостей.

То есть, я хочу поставить X, вижжу что он требует пакетов A, B и C, устанавливаю сначала их, потом - X. В идеале я хочу скачать X, A, B, C с самого начала одним набором, причем именно те вермсии A, B, C которыми пользовался разработчик Х.

Именно это и сделает система управления пакетами.

Потом то же самое с пакетом Y, требующим A.2.6, C, D., чтобы если выяснится что A.2.6 некорректно работает вместо исходного A, я точно знал какая программа с какой конфликттует и мог выбрать более дорогую моему сердцу.

Если в репозитарии есть пакет X, требующий библиотеки A версии 1 и пакет Y, требующий библиотеки A версии 2, то в репозитарии будут просто 2 разных пакета: libA1 и libA2, которые никак между собой не конфликтуют. Так что смело можешь ставить X и Y, потому что точно известно, что они не конфликтуют.

Плюс к тому, я хочу организовать свой собственный дивидюк на котором будет весь софт, который я устанавливаю, в отлаженных и проверенных наборах-конфигурациях-установщиках, чтобы я мог приходить к новому, неподключенному в Сеть компу, ставить голую систему с загрузочного диска, потом вставлять диск софта, инсталлировать все оптом с него - и получать известную и настроенную под меня систему, без всяких скачиваний с Сети по пятнадцатому разу и отслеживания изменений.

Проверенный набор — это репозитарий с пакетами. Просто бери из него все нужные пакеты (со всеми зависимостями). Гарантировано, что конфликтов не будет.